- a -

• abs() : Util::Vector
• acquire() : Util::FlexPtr< T >
• activate() : McMd::Activate
• actual() : Util::FlagSet
• add() : DdMd::GroupDistributor< N > , DdMd::GroupStorage< N > , Tools::AtomStorage , Util::IntVector , Util::ParamComposite , Util::SymmetryGroup< Symmetry > , Util::Tensor , Util::Vector
• addAtom() : DdMd::AtomDistributor , DdMd::AtomStorage , McMd::Cell , McMd::CellList , McMd::CfbLinear , McMd::McPairPotential , McMd::PairList , Tools::Species
• addAtomsToSpecies() : Tools::ConfigReader
• addBegin() : Util::ParamComposite
• addBlank() : Util::ParamComposite
• addCArray() : Util::ParamComposite
• addCArray2D() : Util::ParamComposite
• addChild() : CompositeTestRunner
• addComponent() : Util::ParamComposite
• addDArray() : Util::ParamComposite
• addDMatrix() : Util::ParamComposite
• addEnd() : Util::ParamComposite
• addEndAtom() : McMd::CfbEndBase
• addFArray() : Util::ParamComposite
• addFilePrefix() : CompositeTestRunner , TestRunner
• addForces() : McMd::AnglePotential , McMd::AnglePotentialImpl< Interaction > , McMd::BondPotential , McMd::BondPotentialImpl< Interaction > , McMd::ColVarPotentialTmpl< ColVarType, BiasType > , McMd::DihedralPotential , McMd::DihedralPotentialImpl< Interaction > , McMd::ExternalPotential , McMd::ExternalPotentialImpl< Interaction > , McMd::LinkPotentialImpl< Interaction > , McMd::MdColVar , McMd::MdCoulombPotential , McMd::MdEwaldPairPotentialImpl< Interaction > , McMd::MdEwaldPotential , McMd::MdPairPotential , McMd::MdPairPotentialImpl< Interaction > , McMd::MdSpmePotential , McMd::SpecialPotential , McMd::SpecialPotentialFacade< PotentialType, FactoryType >
• addGhost() : DdMd::AtomMap , DdMd::AtomStorage
• addGroupExchanger() : DdMd::Exchanger
• addLink() : McMd::Cluster , McMd::LinkMaster
• addLocal() : DdMd::AtomMap
• addMember() : Util::MpiStructBuilder
• addMiddleAtom() : McMd::CfbRebridgeBase
• addMolecule() : McMd::System
• addMolecules() : McMd::TrajectoryReader
• addNewAtom() : DdMd::AtomStorage
• addNewGhost() : DdMd::AtomStorage
• addObserver() : Util::Signal< T > , Util::Signal< void >
• addParamComposite() : Util::ParamComposite
• addSequence() : McMd::CfbRebridgeBase
• addSubfactory() : McMd::PairFactory , McMd::SpecialFactory , Util::Factory< Data > , Util::Manager< Data >
• addTestMethod() : UnitTestRunner< UnitTestClass >
• allocate() : DdMd::AtomArray , DdMd::AtomMap , DdMd::Buffer , DdMd::CellList , DdMd::Exchanger , DdMd::GroupDistributor< N > , DdMd::PairList , McMd::Atom , Simp::Species , Tools::AtomStorage , Tools::CellList , Util::ArraySet< Data > , Util::ArrayStack< Data > , Util::AutoCorrStage< Data, Product > , Util::DArray< Data > , Util::DMatrix< Data > , Util::DPArray< Data > , Util::DRaggedMatrix< Data > , Util::DSArray< Data > , Util::GridArray< Data > , Util::ListArray< Data > , Util::Memory , Util::MemoryIArchive , Util::MemoryOArchive , Util::RingBuffer< Data >
• allocateAngles() : Simp::Species
• allocateAtoms() : Simp::Species
• allocateBonds() : Simp::Species
• allocateDihedrals() : Simp::Species
• allocateMoleculeSet() : McMd::Simulation
• allocateMoleculeSets() : McMd::System
• allocateSpeciesMutator() : McMd::SpeciesMutator
• allowed() : Util::FlagSet
• alpha() : Simp::EwaldInteraction
• analyzeConfigs() : McMd::McSimulation , McMd::MdSimulation , Tools::Processor
• Analyzer() : DdMd::Analyzer , McMd::Analyzer , Tools::Analyzer
• AnalyzerFactory() : DdMd::AnalyzerFactory
• analyzerFactory() : McMd::Simulation
• AnalyzerManager() : DdMd::AnalyzerManager
• analyzerManager() : DdMd::Simulation
• AnalyzerManager() : McMd::AnalyzerManager
• analyzerManager() : McMd::Simulation
• AnalyzerManager() : Tools::AnalyzerManager
• analyzeTrajectory() : McMd::McSimulation , McMd::MdSimulation , Tools::Processor
• angle() : McMd::Molecule
• angleCapacity() : McMd::Simulation
• angleCollector() : DdMd::ConfigIo , DdMd::TrajectoryWriter
• angleDistributor() : DdMd::ConfigIo
• angleEnergy() : DdMd::AnglePotential , DdMd::AnglePotentialImpl< Interaction > , McMd::GroupRebridgeBase
• AngleFactory() : DdMd::AngleFactory
• angleFactory() : DdMd::Simulation
• AngleFactory() : McMd::AngleFactory
• angleFactory() : McMd::System
• angleForce() : DdMd::AnglePotential , DdMd::AnglePotentialImpl< Interaction >
• AnglePotential() : DdMd::AnglePotential
• anglePotential() : DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess
• AnglePotential() : McMd::AnglePotential
• anglePotential() : McMd::McSystem , McMd::McSystemInterface , McMd::MdSystem , McMd::MdSystemInterface
• AnglePotentialImpl() : DdMd::AnglePotentialImpl< Interaction > , McMd::AnglePotentialImpl< Interaction >
• angles() : Tools::Configuration , Tools::TrajectoryWriter
• AngleStorage() : DdMd::AngleStorage
• angleStorage() : DdMd::ConfigIo , DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess , DdMd::TrajectoryWriter
• angleStyle() : DdMd::Simulation , McMd::System
• append() : CommandLine , DdMd::Cell , DdMd::Mask , McMd::Mask , Tools::Cell , Util::ArraySet< Data > , Util::DPArray< Data > , Util::DSArray< Data > , Util::FPArray< Data, Capacity > , Util::FSArray< Data, Capacity > , Util::GArray< Data > , Util::GPArray< Data > , Util::Manager< Data > , Util::RingBuffer< Data > , Util::SSet< Data, Capacity >
• applyShift() : Simp::MonoclinicBoundary , Simp::OrthorhombicBoundary
• Ar1Process() : Util::Ar1Process
• argc() : CommandLine
• argv() : CommandLine
• Array() : Util::Array< Data >
• ArrayIterator() : Util::ArrayIterator< Data >
• ArraySet() : Util::ArraySet< Data >
• ArrayStack() : Util::ArrayStack< Data >
• associate() : DdMd::AnglePotential , DdMd::AtomCollector , DdMd::AtomDistributor , DdMd::AtomStorage , DdMd::BondPotential , DdMd::ConfigIo , DdMd::DihedralPotential , DdMd::Exchanger , DdMd::ExternalPotential , DdMd::ExternalPotentialImpl< Interaction > , DdMd::GroupCollector< N > , DdMd::GroupDistributor< N > , DdMd::GroupStorage< N > , DdMd::PairPotential , Util::RArray< Data >
• atom() : McMd::Group< NAtom > , McMd::Molecule , Tools::Molecule
• atom0() : McMd::Link
• atom1() : McMd::Link
• atom1TypeId() : McMd::PairSelector
• atom2TypeId() : McMd::PairSelector
• atomAngleIds() : Simp::Species
• AtomArray() : DdMd::AtomArray
• atomBondIds() : Simp::Species
• atomCapacity() : DdMd::AtomStorage , DdMd::Buffer , DdMd::Cell , DdMd::CellList , DdMd::PairList , McMd::CellList , McMd::Simulation , Tools::Cell , Tools::CellList
• AtomCollector() : DdMd::AtomCollector
• atomCollector() : DdMd::ConfigIo , DdMd::TrajectoryWriter
• AtomContext() : DdMd::AtomContext
• atomDihedralIds() : Simp::Species
• AtomDisplaceMove() : McMd::AtomDisplaceMove
• AtomDistributor() : DdMd::AtomDistributor
• atomDistributor() : DdMd::ConfigIo
• atomEnergy() : McMd::AnglePotential , McMd::AnglePotentialImpl< Interaction > , McMd::BondPotential , McMd::BondPotentialImpl< Interaction > , McMd::DihedralPotential , McMd::DihedralPotentialImpl< Interaction > , McMd::ExternalPotential , McMd::ExternalPotentialImpl< Interaction > , McMd::LinkPotentialImpl< Interaction > , McMd::McPairPotential , McMd::McPairPotentialImpl< Interaction >
• atomId() : DdMd::Group< N > , Simp::SpeciesGroup< NAtom >
• atomLinkSet() : McMd::LinkMaster
• AtomMap() : DdMd::AtomMap
• AtomMSD() : McMd::AtomMSD , Tools::AtomMSD
• atomPotentialEnergy() : McMd::McSystem
• atomPtr() : DdMd::Cell , DdMd::Group< N > , McMd::Cell , Tools::Cell
• atoms() : Tools::Configuration , Tools::TrajectoryWriter
• AtomStorage() : DdMd::AtomStorage
• atomStorage() : DdMd::ConfigIo , DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess , DdMd::TrajectoryWriter
• AtomStorage() : Tools::AtomStorage
• AtomType() : DdMd::AtomType
• atomType() : DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess
• AtomType() : McMd::AtomType
• atomType() : McMd::Simulation
• atomTypeId() : Simp::Species
• atomTypes() : McMd::Simulation
• attachNext() : Util::Node< Data >
• attachPrev() : Util::Node< Data >
• attemptPlaceAtom() : McMd::Generator
• attemptPlaceMolecule() : McMd::Generator , McMd::LinearGenerator , McMd::PointGenerator
• AutoCorr() : Util::AutoCorr< Data, Product >
• AutoCorrAnalyzer() : DdMd::AutoCorrAnalyzer< Data, Product >
• AutoCorrArray() : Util::AutoCorrArray< Data, Product >
• autoCorrelation() : Util::AutoCorr< Data, Product >
• AutoCorrelation() : Util::AutoCorrelation< Data, Product >
• autoCorrelation() : Util::AutoCorrStage< Data, Product >
• AutoCorrStage() : Util::AutoCorrStage< Data, Product >
• average() : Util::AutoCorr< Data, Product > , Util::AutoCorrArray< Data, Product >
• Average() : Util::Average
• average() : Util::AverageStage
• AverageAnalyzer() : DdMd::AverageAnalyzer , McMd::AverageAnalyzer< SystemType >
• AverageStage() : Util::AverageStage