Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• d1 : Simp::BendForce , Simp::TorsionForce
• d2 : Simp::BendForce , Simp::TorsionForce
• d3 : Simp::TorsionForce
• DArray() : Util::DArray< Data >
• data() : DdMd::AutoCorrAnalyzer< Data, Product > , DdMd::BondTensorAutoCorr , DdMd::StressAutoCorrelation , Util::IntDistribution , Util::Node< Data >
• data_ : Util::Array< Data > , Util::DSArray< Data > , Util::FSArray< Data, Capacity > , Util::Matrix< Data > , Util::RaggedMatrix< Data >
• Dbl() : Util::Dbl
• DCDTrajectoryReader() : McMd::DCDTrajectoryReader
• DdMdConfigIo() : DdMd::DdMdConfigIo , McMd::DdMdConfigIo
• DdMdConfigReader() : Tools::DdMdConfigReader
• DdMdConfigWriter() : Tools::DdMdConfigWriter
• DdMdGroupTrajectoryWriter() : DdMd::DdMdGroupTrajectoryWriter
• DdMdOrderedConfigIo() : DdMd::DdMdOrderedConfigIo
• DdMdTrajectoryReader() : McMd::DdMdTrajectoryReader , Tools::DdMdTrajectoryReader
• DdMdTrajectoryWriter() : DdMd::DdMdTrajectoryWriter
• deactivate() : McMd::Activate
• deallocate() : McMd::Atom , Util::DArray< Data > , Util::DMatrix< Data > , Util::GArray< Data > , Util::GPArray< Data > , Util::GStack< Data > , Util::Memory
• decrementRecvSize() : DdMd::Buffer
• defaultPrecision() : Util::Format
• defaultWidth() : Util::Format
• DeformCommand() : McMd::DeformCommand
• degree() : Util::CardinalBSpline , Util::Polynomial< T >
• deleteAtom() : McMd::Cell , McMd::CellList , McMd::CfbLinear , McMd::McPairPotential
• deleteEndAtom() : McMd::CfbEndBase
• deleteMiddleAtom() : McMd::CfbRebridgeBase
• deleteSequence() : McMd::CfbRebridgeBase
• den() : Util::Rational
• derivative() : McMd::CvBias , McMd::HarmonicCvBias , McMd::LinearCvBias , McMd::McEnergyPerturbation , McMd::McExternalPerturbation< Interaction > , McMd::McPairExternalPerturbation< PairInteraction, ExternalInteraction > , McMd::McPairPerturbation< Interaction > , McMd::Perturbation
• destRank() : DdMd::Domain
• Diblock() : Simp::Diblock
• difference() : McMd::LinearPerturbation< SystemType > , McMd::Perturbation
• differentiate() : Util::Polynomial< T >
• dihedral() : McMd::Molecule
• dihedralCapacity() : McMd::Simulation
• dihedralCollector() : DdMd::ConfigIo , DdMd::TrajectoryWriter
• dihedralDistributor() : DdMd::ConfigIo
• dihedralEnergy() : DdMd::DihedralPotential , DdMd::DihedralPotentialImpl< Interaction >
• DihedralFactory() : DdMd::DihedralFactory
• dihedralFactory() : DdMd::Simulation
• DihedralFactory() : McMd::DihedralFactory
• dihedralFactory() : McMd::System
• dihedralForce() : DdMd::DihedralPotential , DdMd::DihedralPotentialImpl< Interaction >
• DihedralIterator : McMd::Molecule
• DihedralPotential() : DdMd::DihedralPotential
• dihedralPotential() : DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess
• DihedralPotential() : McMd::DihedralPotential
• dihedralPotential() : McMd::McSystem , McMd::McSystemInterface , McMd::MdSystem , McMd::MdSystemInterface
• DihedralPotentialImpl() : DdMd::DihedralPotentialImpl< Interaction > , McMd::DihedralPotentialImpl< Interaction >
• dihedrals() : Tools::Configuration , Tools::TrajectoryWriter
• dihedralStorage() : DdMd::ConfigIo
• DihedralStorage() : DdMd::DihedralStorage
• dihedralStorage() : DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess , DdMd::TrajectoryWriter
• dihedralStyle() : DdMd::Simulation , McMd::System
• dihedralType_ : Simp::Homopolymer
• dimension() : Util::Grid , Util::GridArray< Data >
• dimensions() : Util::Grid , Util::GridArray< Data >
• distanceSq() : Simp::MonoclinicBoundary , Simp::OrthorhombicBoundary
• Distribution() : Util::Distribution
• distributor() : DdMd::AtomStorage , DdMd::GroupStorage< N >
• divide() : Util::Tensor , Util::Vector
• DMatrix() : Util::DMatrix< Data >
• DMatrixParam() : Util::DMatrixParam< Type >
• domain() : DdMd::ConfigIo
• Domain() : DdMd::Domain
• domain() : DdMd::PairPotential , DdMd::Simulation , DdMd::SimulationAccess , DdMd::TrajectoryWriter
• domainBound() : DdMd::Domain
• dot() : Util::IntVector , Util::Vector
• DPArray() : Util::DPArray< Data >
• DpdMove() : McMd::DpdMove
• DpdPair() : Simp::DpdPair
• DRaggedMatrix() : Util::DRaggedMatrix< Data >
• drawFrom() : Util::Random
• DSArray() : Util::DSArray< Data >
• DSymmMatrixParam() : Util::DSymmMatrixParam< Type >
• dt_ : McMd::MdIntegrator
• dump() : Util::ArraySet< Data >
• dyad() : Util::Tensor